由相鄰行政單元政府建立的協(xié)調(diào)機制包括跨界省級政府間、市級政府間、縣級政府間三個層面的協(xié)商機制。三個層面通過建立聯(lián)席會議、信息通報、聯(lián)合處置等相關機制開展協(xié)調(diào)。三個層面協(xié)調(diào)尤其以相關縣級政府間建立機制進行協(xié)調(diào)最為重要，因為跨界流域環(huán)境糾紛協(xié)調(diào)即使是跨省界的國家層面協(xié)調(diào)最終還是歸結(jié)到兩個(或兩個以上)縣級行政單元政府的落實上。國家層面協(xié)調(diào)通過指導、督促兩省間建立協(xié)調(diào)機制，兩省相鄰、相關縣級人民政府間建立協(xié)調(diào)機制，盡可能將問題解決在縣級政府協(xié)調(diào)機制之內(nèi)，以減少國家、省和市三級協(xié)調(diào)成本。

　　強化地方政府對跨界環(huán)境糾紛事件的預防

　　預防跨界環(huán)境糾紛，實現(xiàn)流域區(qū)域協(xié)調(diào)發(fā)展，各級政府要做好定性、定量兩件事。定性是指實現(xiàn)流域產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)布局符合主體功能區(qū)定位；定量是指排污總量滿足環(huán)境質(zhì)量達標要求。

　　一是償還舊賬。各行政單元及各行政單元共同的上一級政府要將本區(qū)域產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)布局不符合功能區(qū)定位、排污總量不滿足環(huán)境質(zhì)量達標要求的問題理清楚，將各牽頭部門的任務列清楚，將解決問題的體制機制搞清楚，通過政府目標責任制形式將償還舊賬的目標、時限、工程落實到相關行政單元和各牽頭部門頭上。對未完成目標任務的實行問責制和“一票否決”制(掛牌督辦、區(qū)域限批、責任追究等)，對完成目標任務的要予以政策扶持(干部任用、資金扶持、生態(tài)補償?shù)?。

　　二是不欠新賬。流域各行政單元及各行政單元共同的上一級政府要統(tǒng)籌規(guī)劃，在明確未來發(fā)展的經(jīng)濟增長目標和指標的同時，設定環(huán)境保護的目標和指標。規(guī)劃實施要確保流域跨界區(qū)域功能定位和各功能區(qū)環(huán)境質(zhì)量達標的剛性。

　　三是加快發(fā)展。在產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)布局符合主體功能區(qū)定位，環(huán)境質(zhì)量滿足達標要求的前提下追求GDP增長。

　　對流域環(huán)境保護專門立法

    立法內(nèi)容應重點解決功能區(qū)(水環(huán)境功能區(qū)、主體功能區(qū))法律地位、劃定主體、劃定內(nèi)容及資源整合問題。建議國家制定生態(tài)功能區(qū)劃法，明確生態(tài)功能區(qū)劃定的法律地位、劃分原則、確定方法、責任主體、法律責任、執(zhí)法主體。目前國家區(qū)域功能定位分由不同牽頭部門確定，涉及水利、環(huán)保、發(fā)改委等部門，建議國家高度重視功能區(qū)劃定重要意義，明確目標、整合資源、依法劃定。

　　流域生態(tài)環(huán)境保護立法內(nèi)容還應明確流域跨界區(qū)域功能定位和水質(zhì)標準分類及其評價指標設定問題；明確跨界環(huán)境糾紛事件協(xié)調(diào)處置機制問題；明確水資源跨行政單元分配問題；明確由國家建立跨界流域環(huán)境糾紛涉及的損失評估、生態(tài)補償及賠償標準問題；明確跨界水污染糾紛“受害方”政府對本轄區(qū)立即開展應急處置的責任等問題。